لقد تمّ من خلال هذه الدراسة جمع 105 عيّنة سريرية من مرضى يعانون من عدوى مختلفة كالتهاب المسالك البولية والتهاب المهبل والتهاب الجرح وتجرثُم الدم , والذين تمَّ إدخالهم إلى مستشفيينِ رئيسيينِ في مدينة الحلة , الأولى هي مستشفى الحلة التعليمي الجراحي والثانية هي مستشفى الامام الصادق عليه السلام , للفترة الزمنية الممتدة من ( اغسطس 2022إلى نوفمبر 2202) .
وخضعت جميع أنواع العينات للزراعة الهوائية على أوساط مختلفة , فوجد أنّه من اجمالي ( 105) من العيّنات المزروعة ظهر منها 70 ( 66,6%) هي بكتيرية إيجابية , أمّا الكمية المتبقية من البكتيرية نفسها والتي تبلغ 35 (33,3%) لم يلحظ عليها أي نمو, علماً أنّ جميع العيّنات تمّ زرعها على وسط ( chromogenic agar _ وسط انتقائي ) , وتم تحديد 15 ( 14,2% ) عينة إيجابية على أنّها (E. faecalis) فقد تمَّ اخضاع جميع عيّنات ( E. faecalis) المعزولة من مصادر مختلفة في المختبر لاختبار الحساسية للمضادات الحيوية , وذلك عن طريق نشر قرص -- Kirby-bauer المعدلة , فوجدنا أنّ عُزلات ( E. faecalis) الخمسة عشر عزلة هي 100% مقاومة للمضادات الحيوية ( clindamycin – ciprofloxacin – kanamycin ( , حيث أنّ أربع عشرة عزلة (93.3%)مقاومة Imipenem)) وأنّ ثلاث عشرة عزلة 86,6 % كانت مقاومة ( Refampin & Nitrofurantoin) واثنتا عشرة عزلة % 80 مقاومة ( Erythromycin ) و إحدى عشرة عزلة 73,3 %مقاومة ( Vancomycin) وعزلتان اثنتان 13,3% مقاومة (Levofloxacin) وعزلة واحدة 6,6% مقاومة (Teicoplanin & piperacillin) .
وبعد ذلك خضعت هذه العزلات لطريقة الكشف الجزئي باستخدام أساس محدد يعتمد على جين D- alanine D-alanine ligase)) كمؤشر جيني للتعرف وبصورة مؤكدة على E. faecalis)) بواسطة ( PCR ) وأظهرت النتائج أنّ ( %15) كانت موجبة ل ( ddl ) .
وتمَّ إجراء العلاقة بين خمس عشرة عزلة E.faecalis باستخدام RAPD-PCR .
فأظهر التمهيدي M13 تعدد الأشكال بين اختبارالعزلات فولّدَ 14-7) ) نطاقاً يتراوح بين ( 95 - إلى - 3000) زوج قاعدي .
كما وأنّ الرسم التخطيطي للمسافة الجينيّة بين جميع المعزولين بناءً على تعدد الأشكال المتولدة عن ( PCR RAPD- ) بعد استخدام التمهيدي M13)) باستخدام (UPGMA) حيث قسّم المخطط ( cladogram ) جميع العزلات الخمس عشرة إلى مجموعتين , فقد احتوت المجموعة الأولى ( A) على عزلة واحدة فقط ( EF17 ) والمجموعة الثانية ( B) تحتوي على أربع عشرة عزلة , مقسمة ( 14) عزلة إلى مجموعتينِ فرعيّتينِ , المجموعة الفرعية الأولى مقسمة إلى فرعينِ ,
المجموعة الفرعية الاولى احتوت إحداها على عزلتين (EF12-EF13) , بينما احتوت المجموعة الفرعية الثانية على ثلاث عزلات (EF18-EF19-EF20) حيث أنّ المجموعة ( B) أظهرت ارتباطاً وراثياً وثيقاً وبنفس المسافة الوراثية بين بعض العزلات , ممّا أظهر انتشاراً نسيلياً , وأنّ علاقتهم الوراثية الوثيقة القائمة على معامل الاختلاف إلى تباين جيني منخفض بينهما .
ففي هذه الدراسة تمَّ استخدام طريقة الكتابة المتسلسلة ذات البؤرة المتعددة ( MLST ) للتحقيق في القدرة التّميزية , والتكاثر , والعلاقة الوراثية بين خمس عشرة ( 15) عزلة E.faecalis . تعتمد على بيانات التسلسل التي تمّ الحصول عليها من MLST) )لتحديد الهياكل السكّانيّة التي تحلل مدى اختلال التوازن بين الآليات للعلاقة التطورية بين خمس عشرة ( 15 ) عزلة , على جينات التدبير المنزلي الخمسة المستخدمة بشكل متكرر لتحليل ( pep C, clpX ,recA ,rpoB,&groEL) وفي الدراسة الحالية تم استخدام MLST لاستكشاف التركيب السكاني وتطور 15 عزلة ( E.faecalis ) من عيّنات سريرية مختلفة والتي قد توفّر معلومات أفضل فيما يتعلق بخصائصها البيولوجية , ولبدأ التحليل تمّ احتساب تنوع التسلسل لجينات التدبير المنزلي الخمسة ,
فقد تمّ تنفيذ هذه الخطوة لقياس ما إذا كانت هذه المواقع المختارة لديها تميّز كافٍ في الكتابة . ويتراوح عدد الآليات في هذه المواضيع الجينيّة من ( 2 – 7 ) مقارنة بتنوعات تسلسل النيوكليوتيدات متشابهة ولكن منخفضة بشكل عام , مما يعيد تكوين هذه الجينات .
أيضاً تمّ اكتشاف الدراسة الحالية ( ST) في أن تكون فريدة من نوعها في المنطقة , ويمكن أن يساعد المزيد من التحليل وربما التسلسل الجيني لهذه السلالات في تحديد خصائص هذه السلالات .
وفقاً للملف الشخصي الأليلي , وجد أن المتغير الأليلي ( SNP ,الادراج والحدف ) بين العزلات في الحالة كان ( rpoB) أكثر تنوعاً أو تحرراً من جينات التدبير المنزلي الأربعة الأخرى على عكس ( recA) الذي كان أقل تبايناً . ويبدو أن الجين المختار لمخطط ( MLST ) الحالي يمثل تعدد الأشكال العام الذي شوهد في جينات التدبير المنزلي للإشريكية الفاسقة .
تم الاستدلال على نسالة هذه ( ST) , وفي شجرة نسألة ( MLST ) لجميع سلالات E.faecalis)) إلى الحد الأقصى مثل نهج غطاء المحرك من تسلسل متسلسل . فقد أظهرت جميع عزلات ( E.faecalis ) سلالة متعددة الفصائل وكشفت عن ثلاث مجموعات متميّزة ,
المجموعة Aتحتوي على عزلة واحدة ( EF13 ) والمجموعة ( B ) تحتوي على عزلة واحدة ( EF14 ) والمجموعة C تحتوي على 13 عزلة , تنتشر أنظمة ( CRISPR-Cas ) على نطاق واسع بين التعانق والبكتيريا , والتي تحمي هذه الكائنات الحية من العناصر الوراثية المتنقلة مثل العاثيات والبلازميدات و اللينقولات تتم تضمين آلية عمل هذه الأنظمة في ثلاث خطوات للتكيف والتعبير والتداخل أقترح تحليل الجينوم .
إنّ أنظمة ( CRISPR-Cas ) تتفاعل مع العناصر المتنقلة يحتوي ( E.faecalis ) على نوع واحد من ( CRISPR-Cas ) وهو من النوع الثاني , وهنالك ثلاثة مواضع ل ( CRISPR ) في جينومات ( E.faecalis ) والتي تشمل ( CRISPR1-Cas,CRISPR2-Cas,CRISPR3-Cas).
في هذه الدراسة حددنا حدوث مواضع CRISPR-Cas في بكتيريا ( E.faecalis ) المعزولة من مصادر معدية مختلفة ( البول , المهبل , الجرح ) توزيع وتكرار ثلاثة عناصر مختلفة في عزلات ( E.faecalis) بشكل عام , ثم تحديد CRISPR2 في 8 ( 53.3% ) من العزلات متبوعة ب ( CRISPR1-Cas,CRISPR3-Cas ) (33.3%,20%)على التوالي , وأظهرت الدراسة الحالية إنّ وجود مواضع CRISPR كان متغيّراً بين عزلات E.faecalis كانت العزلات أكثر عرضة لإيواء CRISPR2 اليتيم من CRISPR1-Cas,CRISPR3-Cas.