منصة الرسائل والاطاريح: خصائص جزيئية لبعض عوامل الضراوة لبكتريا Klebsiella pneumonia ST258 المعزولة من مرضى المستشفى في محافظة بابل

الخلاصة

تضمنت هذه الدراسة 100 عينة سريرية تم جمعها من مستشفى الحلة التعليمي ومستشفى الإمام الصادق للفترة من تشرين الاول 2021 لغاية نيسان 2022، من مرضى تتراوح أعمارهم بين 3 و 55 عامًا من كلا الجنسين، 65٪ منهم ذكور و 35٪ إناث. تم عزل أربعين سلالة من بكتريا K. pneumoniae من 100 عينة من مواقع عدوى مختلفة وبواسطة طرائق تشخيصية مختلفة. 11 (27.5٪) من الأربعين عزلة كانت من البلغم، 8 (20٪) من البول، 7 (17.5٪) من مسحات الجروح ، 6 (15٪) من مسحات الحروق، 5 (12.5٪) من أنسجة الحروق، و3 (7.5٪) من مسحات الأذن. تم عزل K. pneumoniae من 26 رجلاً (65٪) و 14 امرأة (35٪). أظهر الكشف عن النمط المظهري أن 18(45 ٪) من عزلات pneumoniae . K الرئوية كانت منتجة للهيمولايسين، و 22 (55 ٪) منتجة Siderophores ، 37 (92.5 ٪) تلازن كريات الدم الحمراء ، 25 (62.5 ٪) يمكن أن تنتج مقاومة للمصل، 5 (12.5 ٪) منتجة لانزيم اللايبيز ، 4 (10٪) يمكن أن تنتج انزيم الجيلاتيناز، و 39 (97.5٪) لديها لزوجة مخاطية مفرطة. تم دراسة قابلية البكتريا على تكوين الأغشية الحيوية، ووجد أن 37 (92.5٪) من هذه العزلات تشكل غشاءً حيويًا قويًا ، 2 (5٪) شكلت غشاءً حيويًا معتدلًا، وعزلة واحدة فقط (2.5٪) شكلت غشاءً حيويًا ضعيفًا. أظهرت مقاومة المضادات الحيوية ضد .pneumoniae K الرئوية مقاومة عالية للإيميبينيم 33 (82.5٪)، Meropenem (77.5٪)31 ، Fosfomycin (67.5٪)27 و Ertapenem (65٪)26 . تم استخلاص الحمض النووي لجميع عزلات pneumoniae K. لسلالة ST 258عند 320 زوج قاعدي مع السلم الأليلي. وتم الكشف عن بعض جينات الفوعة في 16 عزلة K. pneumoniae ST 258 ومقارنتها مع 16 عزلة K. pneumoniae. وأظهرت النتائج أن جميع العزلات (100٪) كانت موجبة لجين fimH في عزلات ST 258 بينما وجد في 12/16 (75٪) عزلة K. pneumoniae عادية عند (688 زوج قاعدي). بينما وجد 13/16 (81.2٪) موجب للجين mrkD لعزلات ST 258 بينما وجد ان 11/16 (68.7٪) في K. pneumoniae عند (240 زوج قاعدي). تم الكشف عن جين magA في 15/16 (93.7٪) موجب لعزلات ST 258 بينما وجد 10/16 (62.5٪) K. pneumoniae عند (1282 زوج قاعدي). بالإضافة إلى ذلك ، تم الكشف عن جين wzy في 15/16 (93.7٪) موجب لعزلات ST 258 بينما تم العثور عليه في 11/16 (68.7٪) عزلة K. pneumoniae عند (641 زوج قاعدي) ، وتم الكشف عن جين rmpA. في 16/16 (100٪) موجبة للجين لعزلات K. الرئوية ST 258 بينما وجدت في 12/16 (75٪) في K. pneumoniae عند (535 زوج قاعدي) ، تم الكشف عن جين luxS في 14/16 (87.5٪) كانت موجبة للجين luxS لعزلات ST 258 بينما وجدت في 9/16 (56.2٪) عزلة K. pneumoniae عند (447 زوج قاعدي) ، تم اكتشاف جين BlaOXA-48 في 13/16 (81.2٪) كانت موجبة ST 258 بينما 8/16 (50٪) عزلة K. pneumoniae وجدت عند (428bp). بينما وجد جين blaTEM في 13/16 (81.2٪) موجب ST 258 بينما 9/16 (56.2٪) في K. pneumoniae عند (1080 زوج قاعدي). تم الكشف عن جين blaSHV في 12/16 (75٪) كانت موجبة blaSHV لعزلات ST 258 بينما تم العثور على 10/16 (62.5٪) في K. pneumoniae عند (930 زوج قاعدي)، تم الكشف عن جين blaCTX-M في 15/16 (93.7٪) كانت موجبة للجين blaCTX-M لعزلات ST 258 بينما وجدت 8/16 (50٪) في K. pneumoniae عند (585 زوج قاعدي). علاوة على ذلك، أشارت مسافات النشوء والتطور المجاورة في هذه الشجرة إلى تنوع بيولوجي واسع في K. pneumoniae و K. pneumoniae sub spp. ST 258. قامت شركة Macrogen Korea بتسلسل الجينات التي تم تضخيمها بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل. وجد بنك الجينات توافق 99٪ بين جين Klebsiella pneumoniae ST 258 و جين Klebsiella pneumoniae ST 258 في NCBI تحت التسلسل (المعرف: HG785581.1). جزء آخر من تسلسل Klebsiella pneumoniae sub spp.. يظهر جين ST 258 توافقًا بنسبة 99 ٪ في بنك الجينات تحت معرف التسلسل: HG785581.1 ، وبالتالي تسجيل واحد G / C Transvertion في الموقع (278 نيوكليوتيد) و Transvertion A \ T في (316 نيوكليوتيد) من هذه العزلة. ان نتيجة التسلسل لأول جين K. pneumoniae تُظهر تحويل واحد T \ A في الموقع (1830475 نيوكليوتيد) من بنك الجينات ووجد جزءًا من الجين متوافقًا بنسبة 99 ٪ مع المسجل في NCBI تحت التسلسل (المعرف: CP052490.1) ، لذلك تم تسجيل انتقال واحد G \ A في الموقع (1830608 نيوكليوتيد) الذي لوحظ من الجين في هذه العزلة. تظهر نتيجة التسلسل لجين Klebsiella pneumoniae الثاني Transvertion T \ A في الموقع (1830566 نيوكليوتيد) من بنك الجينات وجد جزءًا من الجين متوافقًا بنسبة 99 ٪ مع المسجل في NCBI تحت التسلسل (المعرف: CP052490.1)، لذلك تم تسجيل طفرة واحدة C \ T في الموقع (1830630 نيوكليوتيد) من هذه العزلة. يحتوي جين mrkD لـ Klebsiella pneumoniae على طفرة واحدة G \ A في الموقع (502 نيوكليوتيد) في بنك الجينات والذي يحتوي على توافق 99 ٪ مع المسجل في NCBI تحت التسلسل (المعرف: KF777765.1). يشير قسم آخر من التسلسل لجين mrkD Klebsiella pneumoniae في نفس العزلة إلى توافق 99 ٪ في mrkDالمسجل في البنك الجيني تحت معرف التسلسل: KF777765.1 ، تم تسجيل الطفرة T \ C في مكان (714 نيوكليوتيد) من Gene Bank الذي تم اكتشافه. أظهرت النتائج توافق 99 ٪ mrkD في المسجل في البنك الجيني تحت التسلسل (المعرف: KF777765.1) تم تسجيل الطفرة A \ C في الموقع (751 نيوكليوتيد) من بنك الجينات الذي تم تحديد جزء من جين mrkD في نفس العزلة. ومع ذلك ، يحتوي جين K. pneumoniae الثاني mrkD على طفرة G \ A (502 نيوكليوتيد) من بنك الجينات و 99٪ متوافق مع المسجل في NCBI (المعرف: KF777765.1). وجزء آخر من التسلسل لجين mrkD المسجل في البنك الجيني في نفس العزلة يظهر توافق 99 ٪ في بنك الجينات تحت معرف التسلسل: KF777765.1 ، تم تسجيل الطفرة T \ C في مكان (714 نيوكليوتيد) في بنك الجينات. معرف تسلسل mrkD أظهر KF777765.1 الانتقال A \ G في الموقع (804 1 نيوكليوتيد). تُظهر نتيجة التسلسل الثالث لجين K. pneumoniae mrkD طفرة واحدة A \ G (502 نيوكليوتيد) من بنك الجينات بجزء معين من الجين بتوافق 99٪ مع المسجل في NCBI تحت التسلسل (المعرف: KF777765.1). يشير جزء آخر من التسلسل لجين mrkD إلى K. المسجل في البنك الجيني في نفس العزلة إلى توافق 99 ٪ في mrkDفي بنك الجينات تحت معرف التسلسل: KF777765.1، تم تسجيل Transvertion T \ G في (603 nucleotide) من Gene Bank. و جزءًا من جين mrkD في نفس العزلة مع توافق بنسبة 99 ٪ وفقًا لمعرف التسلسل: KF777765.1. أظهر التسلسل الأولي جين ST 258 mrkD توافقًا بنسبة 100 ٪ مع جين mrkD المسجل في بنك الجينات تحت معرف التسلسل: CP046967.1، وبالتالي لم يتم تسجيل أي تعديل. يُظهر الجين الثاني ST 258 لديه طفرة T \ C واحد (4039924 نيوكليوتيد) في جين mrkD، وهو ما يتوافق بنسبة 99 ٪ مع المسجل في NCBI تحت التسلسل (المعرف: CP046967.1). التسلسل الجيني luxS لكل من K. pneumoniae و K. pneumoniae sub spp ST 258. أظهر توافقًا بنسبة 99 ٪ في بنك الجينات تحت معرف التسلسل: CP114753.1 ، وبالتالي لم يتم التعرف عن أي تغيير في بنك الجينات. سجلت سلالات جين ST 258 من منطقة واحدة. كانت العينتان فقط بالقرب من فنزويلا (GenBank acc. No. HG685581.1).